Historia është vendosur në një të ardhme të largët. Toka është e shkatërruar dhe njerëzimi krijon Plantacionin e qytetit të kalasë së lëvizshme. Pilotët e prodhuar brenda Plantacionit jetojnë në Mistilteinn, i njohur gjithashtu si "kafazi i shpendëve". Fëmijët jetojnë atje duke mos ditur asgjë për botën e jashtme apo lirinë e qiellit. Jeta e tyre përbëhet nga lufta për të kryer misione. Armiqtë e tyre janë forma të jetës gjigante misterioze të njohura si Kyouryuu, dhe fëmijët pilot robotë të quajtur Franxx për t'u përballur me ta. Për fëmijët, hipja në Franxx dëshmon ekzistencën e tyre.
Një djalë i quajtur Hiro quhet Code:016, dhe dikur njihej si një mrekulli. Megjithatë, ai ka mbetur prapa dhe ekzistenca e tij duket e panevojshme. Të mos pilotosh një Franxx është njësoj si të pushosh së ekzistuari. Një ditë, një vajzë misterioze e njohur si "Zero Two" i shfaqet para tij. Nga koka e saj dalin dy brirë.
